| Stage 3: Valladolid to Villa del Libro de Uruena, 159.9km |
| 1. Francisco J. Ventoso (Esp) Andalucia - Cajasur | 4:22:54 |
| 2. Samuel Sanchez (Esp) Euskaltel - Euskadi |
| 3. Edgar Pinto (Por) Benfica |
| 4. Aitor Perez (Esp) Extremadura-Gruppo Gallardo |
| 5. Enrique Salgueiro (Esp) Extremadura-Gruppo Gallardo |
| 6. Koldo Fernandez (Esp) Euskaltel - Euskadi |
| 7. Danielli Nardello (Ita) Serramenti PVC Diquigiovanni-Androni Giocattoli |
| 8. Yon Bru (Esp) Euskaltel - Euskadi |
| 9. Jose V. Garcia Acosta (Esp) Caisse d'Epargne |
| 10. Iban Mayoz (Esp) Karpin Galicia | all s.t. |
|
| 15. Tyler Farrar (USA) Slipstream Chipotle p/b H3O |
| 20. Jason Donald (USA) Slipstream Chipotle p/b H3O |
| 21. Levi Leipheimer (USA) Astana |
| 36. Christian Vande Velde (USA) Slipstream Chipotle p/b H3O |
| 45. Jonathan Patrick McCarty (USA) Slipstream Chipotle p/b H3O |
| 61. Steven Cozza (USA) Slipstream Chipotle p/b H3O |
| 87. Chris Horner (USA) Astana | all s.t. |
|
| GC |
| 1. Alberto Contador (Esp) Astana | 8:04:52 |
| 2. Levi Leipheimer (USA) Astana | at 0:04 |
| 3. Thomas Dekker (Ned) Rabobank | 0:13 |
| 4. Samuel Sanchez Gonzalez (Esp) Euskaltel - Euskadi | 0:19 |
| 5. Christian Vande Velde (USA) Slipstream Chipotle p/b H3O | 0:22 |
| 6. Steven Cozza (USA) Slipstream Chipotle p/b H3O | 0:25 |
| 7. Moises Duenas Nevado (Esp) Barloworld | 0:28 |
| 8. Mauricio Soler (Col) Barloworld |
| 9. Tyler Farrar (USA) Slipstream Chipotle p/b H3O | 0:30 |
| 10. Huub Duyn (Ned) Slipstream Chipotle p/b H3O | 0:36 |
|
| 27. Jonathan Patrick Mc Carty (USA) Slipstream Chipotle p/b H3O | 0:48 |
| 29. Jason Donald (USA) Slipstream Chipotle p/b H3O | 0:52 |
| 68. Chris Horner (USA) Astana | 1:25 |
